Podľa obžaloby tým, že v decembri 2007 podpísal zmluvu o prevzatí dlhu dcérskej spoločnosti Matice slovenskej – Matičného fondu, pripravil organizáciu o približne 215-tisíc eur (viac ako šesť miliónov slovenských korún). Spôsobil tak organizácii škodu veľkého rozsahu. Bývalý predseda Matice, ktorý bol na čele organizácie v rokoch 1990 až 2010, vinu odmieta.
Ako sa Markuš vyjadril pred súdom, Matica sa počas jeho šéfovania premenila z organizácie absolútne závislej od štátu na nezávislú a finančne zabezpečenú organizáciu. “Moja činnosť prispievala len k zveľaďovaniu Matice,” vyhlásil. Finančnú stratu Matičného fondu podľa vlastných slov vyrovnal so ziskov tlačiarenskej spoločnosti Neografia, v ktorej mala Matica 80-percentný podiel. To podľa neho odobrili riadiace orgány Matice ako aj Neografie. “Konal som v súlade so zákonom s úmyslom riešiť situáciu našich dcérskych spoločností,” povedal s tým, že ak by dlh Matičného fondu nebol urovnaný, spôsobilo by to problémy aj samotnej Matici. Za vznik dlhu on sám považuje za zodpovedného vtedajšieho správcu spoločnosti Matičný fond, teda spoločnosť Konštantín. Tá podľa neho využila finančné prostriedky z fondu pri investovaní na finančných a kapitálových trhoch, následne ich však nebola schopná vrátiť. “Toto konanie sleduje len jeden cieľ, riešiť problémy vo vnútri Matice kriminalizáciou mojej osoby,” dodal na margo pojednávania Jozef M.
Súd dnes na pojednávaní plánoval vypočuť v pozícii poškodeného aj súčasného predsedu Matice slovenskej Mariána Tkáča. Advokát Jozefa Markuša však požiadal o odročenie pojednávania, keďže jeho klient má údajne vážne zdravotné problémy a účasť na pojednávaní mu spôsobuje veľkú záťaž. Senát mu vyhovel a pojednávanie odročil na máj. Tkáč tak stihol predniesť len požiadavku, že v prípade uznania viny obžalovaného požaduje Matica späť celú finančnú čiastku.
Polícia Jozefa Markuša obvinila z obzvlášť závažného zločinu porušovania povinnosti pri správe cudzieho majetku ešte v septembri 2014. Obžalobu na súd podala Krajská prokuratúra v Bratislave v januári tohto roka.
