Do prvej experimentálnej triedy – podľa Projektu alternatívnej starostlivosti o nadané deti – autorky PhDr. Jolany Laznibatovej, CSc. – ako psychologičky a gestorky celého overovania – nastúpilo k 1. septembru 1993 do prvej triedy sedemnásť detí.
Tieto deti za 3 mesiace ukončili prvý ročník predpísaného učiva. Do konca školského roku 1993/1994 ukončili aj druhú triedu. Ale následne sa už nepokračovalo s vyučovaním nadaných akcelerovaným systémom, pretože s deťmi nadanými je pri výučbe treba ísť viac do hĺbky a šírky, teda viac systémom obohacovania učiva.
K 1. januáru 1998 vznikla samostatná škola a ako škola pre mimoriadne nadané deti, ktorá bola zaradená do siete škôl. V ďalšom roku 1. 9. 1999 bolo zriadené pri tejto škole aj osemročné gymnázium pre nadané deti.
V týchto dňoch Škola pre mimoriadne nadané deti a gymnázium oslavuje 25 rokov systematického vzdelávania nadaných detí. V súčasnosti sa realizuje výučba podľa novovytvoreného autorského programu APROGEN, ktorý je šitý na mieru deťom nadaným v intelektovej oblasti. Dnes v škole študuje 771 žiakov, z toho 266 na 1 . stupni a 505 na gymnáziu.
Podľa dosahovaných výsledkov sa už druhý rok škola umiestnila na prvom mieste v hodnotení INEKO. Posledné tohtoročné maturity ukončili študenti s priemernou známkou 1,00. Žiaci dosahujú vynikajúce výsledky na súťažiach doma i v zahraničí. Aj preto sa v piatok 22.9. 2017 konalo slávnostné zasadnutie k 25. výročiu tejto školy a k efektívnemu systému práce s nadanými deťmi.
Za BSK sa ho zúčastnili predseda BSK Pavol Frešo, riaditeľ odboru školstva Roman Csabay, podpredseda BSK Martin Berta, vedúca odboru školstva Jana Zápalová, zamestnankyne BSK Oľga Zaťková a Anna Poliačiková ako aj predseda územnej školskej rady Ivan Haverlík.