Najvyšší kontrolný úrad (NKÚ) ako nezávislý orgán zistil závažné pochybenia v riadení PPA počas predchádzajúceho volebného obdobia. Tvrdenia Ľ. Jahnátka, ktorými znevažuje postup aktuálneho vedenia PPA, sa nezakladajú na pravde a poukazujú, na neznalosť problematiky. Kontroly NKÚ SR prebiehajú dlhodobo, aj niekoľko mesiacov a stanoviská sa kontrolórom prezentujú priebežne a operatívne. Vedenie PPA bolo s NKÚ SR plne súčinné v záujme zabezpečenia transparentnosti a efektívneho využívania peňazí daňových poplatníkov.
Aktuálne vedenie PPA tvoria vysoko kvalifikovaní pracovníci, so skúsenosťami aj priamo z agentúry. Dôvodom výmeny minulého vedenia PPA bol práve nekompetentný spôsob riadenia a nezvládnutá administrácia projektových podpôr. Na to jednoznačne poukazujú aj audit NKÚ SR aj výhrady Európskej komisie. Medzi výhradami NKÚ SR sú napríklad hodnotenie projektov absolventmi bez praxe, ktorí tak rozhodovali o státisícoch eur, či interní hodnotitelia, ktorí neprešli ani školeniami ani nedisponovali príručkami pre hodnotiteľov.
MPRV zároveň upozorňuje na evidentnú nezrovnalosť tvrdení Ľ. Jahnátka, že aktuálna ministerka pôdohospodárstva, ktorá bola v rokoch 2012 – 2016 generálnou riaditeľkou Slovenského pozemkového fondu (SPF) bola súčasťou širšieho vedenia ministerstva. SPF je nezávislá inštitúcia. Jej generálneho riaditeľa menuje vláda a minister pôdohospodárstva a rozvoja vidieka ho len nominuje. Generálny riaditeľ SPF však svoju funkciu vykonáva nezávisle a nezúčastňuje sa žiadnych rozhodovacích procesov MPRV SR.
