V oblasti organizácie a riadenia za problematické miesta pokladá IVP rigidnú úpravu štátnej regulácie samosprávy vysokých škôl, nevyvážený vzťah medzi samosprávou na úrovni vysokej školy a na úrovni jej fakúlt, dominantný vplyv interných kapacít na riadenie a nefunkčné kontrolné mechanizmy.
Na základe medzinárodnej komparácie autori komentára predkladajú na diskusiu odporúčania na zredukovanie zákonných požiadaviek na vnútorné usporiadanie samosprávy vysokých škôl, zmenu kompetencií a zloženia jednotlivých samosprávnych orgánov a posilnenie transparentných kontrolných mechanizmov.
Plné znenie komentára nájdete na tejto stránke.