Krajský súd v Českých Budějoviciach odsúdil v januári 2016 rodáka z Nitry na päť rokov väzenia a uhradenie škody vo výške 12,5 milióna Kč za podpísanie dodatku zmluvy so spoločnosťou BitServis, ktorá pre magistrát v juhočeskej metropole dlhodobo zabezpečuje dodávku IT technológií a služieb.
V zmysle žaloby mal Thoma vec prerokovať v rade a tá mala následne rozhodnúť o vypísaní výberového konania, čo však exprimátor neučinil. Podľa verdiktu odvolacieho súdu však Thoma nepostupoval uvedeným spôsobom s úmyslom poškodiť radnicu, ani obohatiť sa na objednávke. Pôvodné rozhodnutie Krajského súdu v Českých Budějoviciach preto označil za špekulatívne a navyše bez opory v dôkazoch.
Pôvodným povolaním archeológ stál na čele českobudějovickej radnice od roku 2006 s prestávkou až do roku 2014. V prvom volebnom období (do roku 2010) na nej zastupoval Občiansku demokratickú stranu (ODS), ďalší mandát získal už ako nominant hnutia Občania pre Budějovice.
Thoma čelil od roku 2012 obvineniu zo zneužitia právomocí a porušenia povinností pri správe cudzieho majetku, a to v súvislosti so signovaním spomínaného dodatku bez vedomia rady mesta. Juraj Thoma v rozhovore pre internetový server Lidovky.cz v reakcii na verdikt Vrchného súdu v Prahe priznal, že je to obrovská úľava. Dodal, že od začiatku o celom prípade tvrdil, že je vykonštruovaný. Jeho jediným cieľom bolo údajne odstaviť ho od spoločenského a politického života v meste, čo sa vzhľadom na šesťročné trvanie prípadu do značnej miery podarilo. Aj preto má podľa vlastných slov dnes skutočne dôvod na oslavu.
