Maďarsko a Československo uzavreli zmluvu predpokladajúcu výstavbu SVDGN s cieľom vyrábať elektrickú energiu, bojovať proti záplavám a zlepšiť navigáciu na Dunaji. Vodné dielo Gabčíkovo (VDG) sa budovalo pôvodne ako vodné dielo Gabčíkovo-Nagymaros predovšetkým s cieľom zabrániť pravidelným záplavám v tejto oblasti (napríklad v rokoch 1954 a 1965).
Maďarsko však v máji až novembri 1989 bez toho, aby to oznámilo, ukončilo práce na stavbe svojej časti, čím donútilo Česko-Slovensko od novembra 1991 realizovať len časť diela v pozmenenej podobe. Maďarsko jednostranne zrušilo realizáciu projektu a neskôr od zmluvy odstúpilo s odôvodnením, že ide o projekt s vážnym rizikom pre životné prostredie v Maďarsku a pre zásobovanie Budapešti vodou.
Slovensko, ktoré sa stalo v zmluve nástupníckym štátom Československa, odmietlo tieto tvrdenia a nástojilo na tom, aby Maďarsko splnilo záväzky vyplývajúce zo zmluvy. Neskôr Slovensko pristúpilo výlučne na svojom území k uvedeniu projektu do prevádzky – variantu C.
Uvádzanie stupňa Gabčíkovo do prevádzky sa začalo 24. októbra 1992 o 9.55 h prehradzovaním prirodzeného koryta Dunaja v kontexte variantu C. Vodné dielo Gabčíkovo sa nachádza na rieke Dunaj juhovýchodne od Bratislavy.
Za “duchovného otca” Sústavy vodných diel Gabčíkovo-Nagymaros možno považovať prof. Dr. Ing. Petra Danišoviča. Do výskumu Dunaja sa zapojil už v roku 1937, keď sa vtedajšie vedecké kapacity usilovali splavniť túto európsku veľrieku pre medzinárodnú dopravu.
Počas prevádzkovania VD sa potvrdili jeho kvality tak, ako to predpokladali autori projektu, a nepotvrdila sa žiadna z negatívnych prognóz odporcov vodného diela. Realizáciou náhradného riešenia zdrže Hrušov – stupňa Čunovo výhradne na území Slovenskej republiky (SR) sa zabránilo obrovským environmentálnym a ekonomickým škodám. Druhú etapu stupňa Čunovo dokončili v roku 1997.
Medzinárodný súdny dvor (MSD) v holandskom Haagu vyniesol 25. septembra 1997 rozsudok v spore medzi Maďarskou republikou (MR) a Slovenskou republikou (SR) o výstavbe a využívaní SVDGN. Potvrdil platnosť zmluvy z roku 1977, nástupníctvo SR po Českej a Slovenskej Federatívnej Republike (ČSFR) a vyhlásil vybudovanie náhradného riešenia (stupňa Čunovo) za oprávnené.
Súd rozhodol, že obe strany v záujme zosúladenia ekonomického rozvoja s ochranou životného prostredia by mali spolu opätovne preskúmať účinky využívania elektrárne Gabčíkovo na životné prostredie. Osobitne mali nájsť uspokojivé riešenie, čo sa týka objemu vody vstupujúceho do starého koryta Dunaja a do ramien situovaných na obidvoch brehoch rieky. Niekoľko rokov trvali rokovania vládnych delegácií Maďarska a Slovenska o realizácii verdiktu MSD v Haagu v spore o Sústavu vodných diel Gabčíkovo – Nagymaros (SVDGN).
